新生兒小于3毫米的房間隔缺損,多會在三個月內自然閉合,大于8毫米的房間隔缺損一般不會自然閉合,房缺分流量較大的均需要手術治療,可在三到五歲時體外循環下,直視關閉。反復呼吸道感染,發生心力衰竭或者是合并肺動脈高壓的患者應該及時手術治療。
房間隔缺損也可以通過介入性心導管術應用雙面蘑菇傘關閉缺損,室間隔缺損有自然閉合的可能,中小缺損可在門診隨訪至學齡前期有臨床癥狀反復呼吸道道感染和充血性心力衰竭時,應該抗感染治療,強心、利尿、擴血管等內科處理,大中型缺損有難以控制的充血性心力衰竭的患者,肺動脈高壓持續超過體循環的二分之一或者循環比大于二比一的時候,應該及時處理。