韋格納肉芽腫目前來說病因不清楚,多數人認為與免疫反應與長有關,由于絕大多數的病人是先有上呼吸道的癥狀,又有人發現用磺胺類藥物治療有效,由此推測韋格納肉芽腫的發病與微生物的感染可能有關系,因此有的人認為上呼吸道感染以后,被分解的物質可能作為致敏源導致機體產生異常的反應,也就是變態反應而發生本病。
另外有半數的病人化驗檢查類風濕因子以及抗平滑肌抗體是陽性的,病人有高丙球球蛋白血癥以及免疫符附和物,毛細血管壁內有免疫球蛋白沉積,所以來說認為本病可能是一種自身免性疾病,它的發病了也可能與免疫復合物有關系,并且有細胞的介入,還有人發現組織損傷是由于血管內的白細胞裂解,進而引起血管內皮細胞破壞的血管栓塞產生血管炎。