手術修補是主要的治療方法,手術損傷者應該術中立即修補。手術的方式可以經陰道、經直腸或者是開腹途徑完成。瘺的修補,手術方式的選擇,主要是根據瘺管形成的病因、位置及大小,是否存在多個瘺管,以及醫生的手術經驗和技巧。
瘺修補術主要是切除瘺管,游離周圍組織后進行多層縫合。高位巨大直腸陰道瘺者,合并尿瘺的,前次手術失敗,陰道瘢痕嚴重者,可以先行暫時性的乙狀結腸造瘺,之后再行修補手術。糞瘺的手術應掌握手術時機,先天性糞瘺應該在患者十五歲左右月經來潮后再行手術。過早的手術容易造成陰道狹窄,壓迫壞死性的糞瘺應等待三到六個月以后,再行手術修補。
術前的嚴格腸道準備,同時可以口服腸道抗生素。術后給予靜脈高營養,同時口服腸蠕動抑制藥物,5-7天以后,逐漸從進食進水過度飲食,保持會陰清潔。