慢性房顫患者都有較高的栓塞的發生率,過去有栓塞病史、瓣膜病高血壓病、糖尿病還有老年患者左心房擴大,冠心病能夠使發生栓塞的危險性更大,存在以上任何一種情況均應該接受長期的抗凝治療。比如口服華法林,使凝血酶原時間國際標準化比值INR維持在二到三之間,能夠安全有效預防腦卒中的發生。
不適于應用華法林的患者以及無以上危險因素的患者可以改用阿司匹林每日三百毫克,執行的長期抗凝藥物應考慮個體的不同癥狀,嚴密監測出血的風險。房顫持續不超過兩天,復律前是不需要做抗凝治療的,否則應該在復律前接受華法林治療轉這個心率恢復之后,可以在治療三到四周,緊急情況下也可以注射肝素抗凝治療。