對于慢性疾病,反復發作性右下腹或者是臍周疼痛、腹瀉、體重下降,特別是伴有腸梗阻、腹部壓痛、腹塊、腸瘺、肛周病變、發熱等表現者,臨床上應考慮本病。
本病診斷主要根據臨床表現、x線檢查、結腸鏡檢查、和活組織檢查所見,進行綜合分析。表現典型者在充分排除各種腸道感染,或是非感染性炎癥病變,及腸道腫瘤之后可作出診斷。對于初診的不典型病例應通過隨訪觀察,以求明確診斷。
鑒別有困難而又有手術指征者,可行手術探查、病理診斷,需要鑒別診斷的主要疾病有:急性發作的闌尾炎、慢性發作時與腸結核與腸道淋巴瘤。病變累及結腸者與潰瘍性結腸炎進行鑒別,克羅恩病由于癥狀不是特別典型,所以鑒別診斷是非常重要的。