在進行肛瘺診斷時,首先要進行望診,可以看到肛門周圍的皮膚上或者臀部可以形成一個凸起或者凹陷,凸起或者凹陷就是肛瘺的外口,在瘺口周圍皮膚因為膿液的刺激,常常會有脫皮或者發紅的表現,有時可以看到有肉芽組織由外口突出。
另外還要進行觸診,在低位肛瘺的瘺管在皮下觸診時可以摸到一個繩狀的硬條,硬條的方向由外口走向肛門,如果用手進行按壓可以發現有膿液由外口流出。
在進行直腸指檢的時候,可以在齒狀線附近摸到中心凹陷的一個小硬結,按壓時有輕微的壓痛,這就是肛瘺的內口,在診斷時還要注意詢問病史,尤其是要詢問患者有沒有反復發作肛周膿腫的病史,反復發作的肛周膿腫,是形成肛瘺的一個非常重要的原因。