抗菌藥物主要用于細菌,真菌,結核分枝桿菌,非結核分枝桿菌,支原體,衣原體感染以及螺旋體,立克次體及部分原蟲等病原微生物所致的感染,如缺乏細菌及上述病原微生物感染的證據,及病毒性感染者均無應用抗菌藥物的指征。
抗菌藥物聯合應用擁有明確指征,單一藥物可有效治療的感染,不許聯合用藥。在下列情況時聯合用藥,病原菌尚未查明的嚴重感染,包括免疫缺陷者的嚴重感染,單一抗菌藥物不能控制的需氧菌及厭氧菌混合感染,兩種或兩種以上病原菌感染,單一抗菌藥物不能有效控制的感染性心內膜炎或敗血癥等重癥感染,需長程治療。但病原菌易對某些抗菌藥物產生耐藥性的感染,如結核病,深部真菌等。