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南京市職業病防治院 隸屬于南京市衛生局，是目前南京市唯一一家集職業病預防、診斷、治療于一體的非營利性職業病防治專科醫院，也是我市醫療保險、工傷保險定點機構。醫院始建于1972年，前身為南京市職業病防治所，2012年3月由南京市疾病預防控制中心金山醫院、皮膚病性病專科醫院、燕子磯康復醫院三家機構合并組建而成。
醫院坐落于風景秀麗的紫金山麓，占地面積3.95萬平方米，開設床位170張，現有職工235人，其中高級職稱33人，中級職稱92人，初級職稱73人。設有職業病科、皮膚科、內科、口腔科、病理科、中醫科、蟲媒傳染病專業、醫療美容科(美容皮膚科)、精神科(藥物依賴專業)、傳染科(蟲媒傳染病專業)等多個科室，并建立艾滋病初篩實驗室。
醫院具有江蘇省衛生廳批準的職業病診斷資質以及職業健康檢查資質，現有國家級職業病診斷醫師共計14人，其中塵肺病診斷醫師7人，中毒診斷醫師7人，放射病診斷醫師6人，眼耳鼻喉、皮膚病診斷醫師5人，物理因素診斷醫師3人，有10人是江蘇省職業病診斷鑒定專家庫專家，能夠全方位為南京地區接觸職業病危害因素的勞動者提供職業病監測與職業健康風險評估、職業健康檢查和職業病診治、職業病防治宣傳教育等工作。
近年來，醫院先后被評為江蘇省職業診斷、職業健康檢查先進單位，南京市雙擁先進和禁毒先進單位，社區藥物維持治療門診連續被國務院防治艾滋病工作委員會評為“全國濫用阿片類物質成癮者社區藥物維持治療工作2007-2008年度優秀門診”。全院醫務人員始終貫徹“用情服務，用心防治”的服務宗旨，秉承“勞動者健康，我們的責任”的服務精神，樹立“厚德 致業 重防 實治”的服務理念，以精湛的醫療技術和誠信優質的態度為廣大患者提供一流的醫療服務。
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