病理變化和內臟功能障礙也是代謝疾病的重要原因。例如,腎功能衰竭,導致水和蛋白質、的脂肪、的電解質中的代謝變化。患者腎病綜合征,可能會導致從尿蛋白的長期損失,腎小球濾過率降低,氮代謝產物不容易排出,磷酸、肌酐和尿素氮血液中的硫酸在麻醉中積累并引起新陳代謝。
酸中毒,水和鉀排泄障礙,引起水腫和高鉀血癥;在腎病綜合征發生極低密度脂蛋白和低密度脂蛋白間隙疾病,高脂蛋白血癥升高血漿膽固醇和甘油三酯發生;腎功能衰竭,血磷濃度上升,血液中的鈣濃度降低,25-羥基d未在1,25-二羥基維生素d氫氧化物在腎,次級分泌的甲狀旁腺激素增加酸中毒它會導致鈣和磷代謝紊亂和代謝性骨病。