主要癥狀就是皮膚、黏膜、鞏膜的黃染。其他的癥狀要根據黃疸的病因來說。新生兒黃疸比較常見的原因有:新生兒溶血病,大部分溶血病的癥狀都比較輕,都是以嚴重的黃疸為首發癥狀入院,入院后通過檢查溶血三項來確診的。比較重的溶血病會出現貧血、肝脾腫大、血紅蛋白尿等。若是感染的話,患兒可能會出現發熱、吃奶差、少哭、反應差等癥狀。
若是感染發生在呼吸道,還會伴有咳嗽、咳痰、鼻塞、流鼻涕等癥狀。如果是甲狀腺功能減低癥引起的黃疸,患兒出生時會有面容的異常,而且皮膚粗糙、吃奶少、哭聲弱、反應差等癥狀。其他比較少見的原因還有腸道閉鎖、顱內出血、巨結腸等。病因不同相對應的癥狀也不完全相同。