在臨床上引起肛瘺的最常見疾病仍然是直腸肛管周圍膿腫,直腸肛管周圍膿腫因為治療不及時,或者其他原因會自行破潰,破潰后很大程度上都會形成肛瘺。另外,如果直腸肛管周圍膿腫,只是進行了切開引流術,沒有進行根治術或者一期掛線術,那么術后也很容易形成肛瘺。
切開引流口以及破潰口會形成肛瘺的外口,因為膿腔會反復發作,反復形成炎性感染,也就是慢慢的會出現致密纖維組織的包裹,近管腔處多數為炎性肉芽組織,后期腔內可出現上皮化,也就形成典型的內口,外口和瘺管。除此之外,結核,潰瘍性結腸炎等等,也可能引起肛瘺,只是比較少見。