常規檢查有:血常規,尿常規,生化全項,CRP,血培養等。專項檢查有:心肌酶,肌鈣蛋白I,肌鈣蛋白T,心衰標志物BNP,心電圖,心臟超聲等。以上這些檢查或檢驗項目是所有懷疑本病的患兒都需要做的,也是所有具有收治本病能力的醫院都必須具備的。
還有一些比較特殊的檢查,這些檢查一般需要做的病人不多或是大多數醫院都不具備條件來做。比如病毒學檢測,檢測標本中病原的抗體滴度或是DNA來明確病原,這項檢查對心肌炎的診斷是很有用的,但是很多醫院不具備檢測條件。心臟MRA即心臟血管造影,用來觀察心肌的血液供應和心臟大血管的結構,主要用于心臟嚴重受損的患者,對于心肌炎而言使用該檢查的病人較少。心肌活體組織檢查,目前認為是心肌炎診斷的金標準,由于取材難度大,臨床上使用受限,多用于死后尸檢。