肝癌的病因包括有疾病因素,其中包含有肝臟存在出生缺陷的患者,酗酒的患者,以及慢性感染性肝臟疾病,比如乙型肝炎和丙型肝炎的患者,以及血色素沉著病的患者和肝硬化的患者。
有超過一半的原發性肝癌患者患有肝硬化,通常是由過度飲酒引起的。乙型肝炎、丙型肝炎以及色素沉著病可導致永久性的肝損傷和肝功能衰竭。肝癌的發生與肥胖和脂肪肝有關,另外許多致癌物與原發性肝癌也有關系,包括有一些除草劑和一些化學物質。吸煙也會增加發生肝癌的風險,尤其是同時存在過度飲酒的情況下。
還有一種強烈的致癌物黃曲霉毒素也與肝癌的發生有關。其他物質包括雄激素,雌激素,以及過去曾用于醫學檢驗的一種材料二氧化釷。