并不是所有的甲亢突眼患者都適合做手術治療,如果眼球嚴重的突出,并且出現壓迫性的視神經病變,才考慮手術治療。手術治療的方法通常包括眼眶減壓手術,眼眶減壓手術可以明顯的減輕眼球突出的癥狀,改善面部的外觀,緩解視神經的壓迫。如果部分嚴重的復視患者,以及斜視合并復視的患者,在斜視度穩定以后才進行相應的眼肌手術。合并眼球突出,角膜損害的患者應該先進行眼眶減壓手術,再進行眼肌手術。
部分比較輕的甲亢突眼患者是不需要特殊處理,控制住甲狀腺功能亢進以后,眼球突出癥狀會緩解;中度的甲亢突眼也可以采用糖皮質激素治療的方法;重度的晚期的甲亢突眼患者一般情況下很難恢復,因為眼睛已經出現了球后組織纖維化,治療效果非常差。