食管閉鎖術后會出現的并發癥有:近期的并發癥,如切口感染。如肺炎、胸腔感染積液、化膿性胸膜炎或氣胸,需行閉式引流。食管氣管吻合口瘺,常因食管吻合口感染、破潰、穿孔使食管氣管瘺復發。近期嚴重的并發癥就是食管吻合口瘺,因為食管閉鎖本身兩端之間是有距離的,通過手術把它吻合在一塊后它會向兩端有一定的張力,所以容易發生食管吻合口瘺。
遠期的并發癥主要是吻合口狹窄,因為食管閉鎖要把它用針線縫到一起,這個吻合口術后容易形成疤痕、狹窄,狹窄往往發生在吃有形的食物的時候。預防方法可在術后早期第10~14天開始擴張食管,或局部注射激素。