呼吸衰竭首先對呼吸系統影響較大,使患者出現胸悶、氣喘、呼吸困難。神經系統也可以產生明顯的損害,特別是Ⅱ型呼吸衰竭出現肺性腦病時,患者有精神神志的改變,例如煩躁不安、譫妄、胡言亂語、嗜睡、淺昏迷等。
患者還可以繼發重要器官的損害,例如心臟可以出現心力衰竭和心律失常;肝腎功能損害出現肝功能的異常、腎衰、尿少以及雙下肢的浮腫;消化系統損害可以表現為納差,以及應激性的潰瘍、腹痛腹脹和消化道的出血;血液系統可以導致DIC的形成。故對于長期的慢性呼吸衰竭可以導致患者多臟器功能受損,嚴重者可以對生命造成威脅。