對于急性骨髓炎,它的并發癥主要是局部的紅腫熱痛以及患肢的功能障礙,一般情況下不會出現嚴重的并發癥。但是對于慢性骨髓炎,會產生比較嚴重的并發癥,首先有可能會導致肢體的畸形,由于骨骺受到炎癥的刺激,患肢過度生長,所以變得比較長,或者骨骺板受到了破壞,影響了局部的發育,結果患肢短縮,骨骺板一側受到破壞,發育不對稱,那么使關節出現內翻或者外翻的畸形,由于局部軟組織的瘢痕以及攣縮,也可以引起屈曲畸形。
另外有可能會導致關節的強直,由于感染擴散到了關節內,關節軟骨面受到破壞,使關節呈現纖維性增生,所以有的時候會出現骨性強直。另外還有可能會導致癌變,竇道口的皮膚由于不斷的受到刺激,可以發生癌變。