結核性腦炎的用藥主要原則還是早期給藥,合理選藥,聯合用藥以及系統治療為主。只要患者臨床癥狀,體征和檢查高度提示是結核性腦炎。就應該進行及時的抗結核治療,抗結核治療選用的藥物主要還是以異煙肼,利福平,吡嗪酰胺或者是乙胺丁醇,鏈霉素等等綜合治療是最有效的聯合用藥方案。
異煙肼本身可以抑制結核桿菌DNA的合成,破壞群體內膜活性。利福平與細菌RNA結和,干擾其合成,抑制細菌的生長繁殖,可以導致細菌死亡。吡嗪酰胺在酸性環境下殺菌作用較強。WHO的建議至少選擇三種藥物聯合治療,常用的就是異煙肼,利福平和吡嗪酰胺。輕癥患者治療三個月之后可以停用吡嗪酰胺再繼續用異煙肼,利福平七個月左右。