胃腸道間質瘤有良惡性之分。胃腸道間質瘤是從良性到潛在惡性,再到惡性之間的一種實性腫瘤。世界衛生組織將胃腸間質瘤分為良性,潛在惡性和惡性,良惡性無明顯的區分標準,大多認為胃腸間質瘤無良性可言,至少屬于低度惡性。
區分胃腸間質瘤良惡性的主要指標有:腫瘤的大小,核分裂象以及部位,據此將胃腸間質瘤分為低度惡性,中度惡性和高度惡性,還有極度惡性胃腸間質瘤。極低危的胃腸間質瘤可視為良性;低危的惡性胃腸間質瘤復發轉移的幾率很小,可視為潛在惡性胃腸間質瘤;中高危的胃腸間質瘤,即使手術完整切除也有很大的復發風險,可視為惡性的胃腸間質瘤。