小兒的再生障礙性貧血需要與急性白血病、風濕免疫病導致的全血細胞減少、病毒感染導致的全血細胞減少等相鑒別。小兒再生障礙性貧血與白血病的鑒別比較簡單,進行骨髓穿刺檢查,看骨髓當中是否有原始幼稚細胞,即可鑒別,再生障礙性貧血是沒有原始幼稚細胞的,而白血病當中原始幼稚細胞大于20%。
再生障礙性貧血與風濕免疫病所導致的全血細胞減少,也需要進行鑒別,但是再生障礙性貧血骨髓是增生低下的,而風濕免疫病導致的全血細胞減少,骨髓往往是增生活躍的。此外,再生障礙性貧血,如果是全血細胞減少,也需要與病毒感染相鑒別。但是病毒感染所導致的全血細胞減少,往往是能夠尋找到病毒感染的證據的。