肺栓塞的溶栓治療最大的風險是出血,尤其是顱內出血。臨床上溶栓治療有絕對禁忌癥和相對禁忌癥。其中相對禁忌癥有:妊娠和產后10天、15天內嚴重的外傷、1個月內的神經外科和眼科手術、10天內的胃腸道出血、年齡大于75歲、未控制的嚴重高血壓(高180/110mmHg)、血小板低于100×10⒐/L、嚴重的肝腎功能不全、感染性的心內膜炎、近期曾經心肺復蘇、動脈瘤、糖尿病出血性視網膜病變等。
對于大面積高危的肺栓塞患者,因其對生命的危險極大且不溶栓治療肺栓塞治療難以奏效,故上述的相對禁忌癥亦可以適當放寬而行溶栓治療。