阿米巴腸病的病變部位主要是在盲腸,升結腸,其次是乙狀結腸和直腸。它的分期分為急性期和慢性期。
急性期主要是腸道癥狀,表現有腹痛,腹瀉,大便量增多。因含黏液和大量血液及壞死溶解的腸壁組織,大便會呈紫紅色,暗紅色的糊狀,伴有腥臭味。糞檢時易找到阿米巴滋養體。慢性期病變較為復雜,一些潰瘍已經愈合,而另一些潰瘍可繼續存在并擴大,壞死潰瘍,肉芽組織增生和瘢痕形成共同存在,黏膜可增生形成息肉,最終可使腸壁完全失去正常形態,可因纖維組織增生而增厚變硬,甚至引起腸腔狹窄。有時可因肉芽組織增多而形成局限性包塊,稱為阿米巴腫。