原發性肝癌的病因和發病機制尚未完全明確,根據調查研究發現,原發性肝癌與飲酒,食物及飲水(主要是被霉菌污染的),毒物及寄生蟲,病毒性肝炎,肝硬化,非酒精性脂肪肝病,2型糖尿病,遺傳因素等有關。
繼發性肝癌主要是指從身體其他器官轉移到肝臟的癌癥。雖然原發性肝癌的一些危險因素已經明確,但這些因素導致正常肝細胞癌變的確切原因尚不完全清楚,一般來講,這些因素會影響肝細胞的DNA,導致細胞異常生長并引起癌癥,比如黃曲霉毒素會破壞tp53腫瘤抑制基因,從而導致細胞異常生長和癌癥形成。在肝炎患者中,其病毒DNA可直接插入肝細胞DNA導致肝細胞癌變。