子宮內膜異位癥需與盆腔的炎癥包塊相鑒別。盆腔炎癥包塊多有急性盆腔炎感染病史和反復感染發作史。平時也可有下腹部隱痛,疼痛沒有周期性,可伴發熱和白細胞增高等等。
另外還要與子宮腺肌病相鑒別,腺肌病的痛經癥狀與異位癥相似,但腺肌病的痛經一般更嚴重,疼痛位置位于下腹正中。婦科檢查可以發現子宮多均勻性增大,呈球形,質硬,常和子宮內膜異位癥合并存在。
另外還應該和卵巢的惡性腫瘤相鑒別,惡性腫瘤的病情發展比較快,一般情況差,婦科檢查除可以觸及包塊以外,多伴有腹水,子宮直腸陷窩可以觸及結節,較粗大,無觸痛。B超提示一般腫瘤是囊實性或實性包塊,CA125的值明顯增高。