肛瘺形成的原因有:多種原因造成的機體內分泌變化,其中雄激素及其受體表達增多或者是雄激素受體敏感性升高,同時伴或不伴有免疫力的降低,最終促使肛腺分泌增多,炎癥增強和結構解剖改變,使肛腺的引流不暢,此時若有致病菌感染肛竇,蔓延至肛腺內部,則致病菌滋生形成膿腫灶,膿腫遷延不愈,沿著肛周肌群間的疏松結締組織引流,到達外周皮膚潰破后形成肛瘺,瘺管形成以后在雄激素等原因的持續刺激下,不斷局限化上皮化,并形成慢性的感染灶,使肛瘺遷延不愈,反復發作。
因此常見的疾病就有直腸膿腫破潰以后肛門會陰部手術感染,如產后會陰部手術,尿道前列腺手術。
另外,糖尿病、白血病、結核等患者機體免疫力下降,可以造成肛瘺,還有一些如克羅恩病、潰瘍性結腸炎。
另外還有一些惡性腫瘤,如直腸癌、肛管癌等,也可以是肛瘺發生的原因。