有關先天性巨結腸發病的病因,目前認為它是一種多基因遺傳和環境因素共同作用的結果。發病可能與孕婦有一定關系,但是也有可能與孕婦沒有關系。
在遺傳因素中目前認為該病是先天性多基因遺傳病,家族發病率大約在1.5%-7%,也就是孩子的父親母親都可能對孩子產生影響。在環境因素中比較常見的是缺血缺氧以及毒素和炎癥因素。如果母親在妊娠頭3個月發生了病毒細菌感染或者受到外傷,精神,藥物等刺激,都有可能引起腸管痙攣,腸壁局部水腫,供血不良,從而造成神經節細胞的萎縮變性,進而消失。但是并不能說所有有這種情況的孕婦所生的孩子都有先天性巨結腸,這只是一種可能性。