抗結核藥物的副作用最常見的是胃腸道反應。患者可以出現不同程度的食欲下降、腹脹,嚴重者可有惡心、嘔吐等。對于既往有胃腸道病史的患者,其癥狀更加明顯。患者可以出現不同程度的肝功能損害,輕者主要有惡心、嘔吐、厭油、食欲下降,嚴重的可以出現肝功能衰竭。過敏反應主要表現為皮膚的瘙癢、發紅、皮疹等。高尿酸血癥,主要是見于患者口服吡嗪酰胺的患者,可以因高尿酸血癥導致患者出現關節疼痛、痛風的發生。聽力和腎功能損害。
另外,還可以有視神經炎,患者的視力下降、視野模糊等。周圍神經炎,主要患者出現四肢的麻木,部分患者還可以出現中樞神經的毒性反應,例如誘發癲癇、躁狂等神志改變。骨髓抑制較為少見,主要出現白細胞下降、血小板減少等。