臨床上治療結膜炎的藥物比較多,不同類型的結膜炎,應用的藥物也不同,比如病毒感染造成的病毒性結膜炎,需要應用抗病毒的滴眼液來進行治療,比如阿昔洛韋滴眼液,更昔洛韋眼用凝膠。而細菌感染導致的細菌性結膜炎在臨床上更為常見,需要應用一些廣譜的抗生素滴眼液和眼膏來治療,比如左氧氟沙星滴眼液,妥布霉素滴眼液,紅霉素眼膏等。
過敏性結膜炎需要應用抗過敏的滴眼液治療,常用的有色甘酸鈉滴眼液,氮卓斯汀滴眼液,還可以應用糖皮質激素類的藥物,比如地塞米松滴眼液。另外還可以應用一些人工淚液來起到輔助治療的作用,比如玻璃酸鈉滴眼液。