兩者的區別在于,行胃鏡檢查時,萎縮性胃炎可以表現出慢性胃炎的基礎上有黏膜的萎縮,而非萎縮性胃炎只表現為黏膜的慢性炎癥,而沒有胃黏膜的萎縮情況。兩者都是慢性胃炎的不同表現,在癥狀上沒有明顯的區別,都可以表現為上腹痛、上腹脹、反酸、燒心、噯氣、惡心、嘔吐等癥狀。而且兩者的癥狀的程度,也就是上述上腹不適癥狀的程度表現也可以完全相同,不一定有明顯的區別。
兩者唯一的區別就是在行胃鏡檢查的時候,鏡下表現黏膜情況不同,而因此會區別的診斷。萎縮性胃炎鏡下除了有黏膜的充血水腫這類炎癥表現以外,會有黏膜的萎縮,而非萎縮性胃炎只存在水腫充血這樣的炎癥表現,而沒有黏膜的萎縮,因此是這樣區別兩者。