新生兒敗血癥只有部分是可以預防,因為新生兒分為早發型敗血癥以及晚發型敗血癥。早發型敗血癥多數跟母親因素有關,多屬于宮內感染,例如母親有胎膜早破,絨毛膜羊膜炎,泌尿道生殖道GBS定植或者感染,圍產期母親有發熱病史,或者是早產低出生體重的患兒,都有可能會有早發型敗血癥的出現。
針對早發型敗血癥,能唯一能夠有效預防的只有針對B族溶血性鏈球菌感染的敗血癥,可以在分娩前給孕母靜脈注射抗生素。晚發型敗血癥大多由院內感染引起的,多數發生在患兒新生兒住院期間或者是長期住院的患兒,因此要預防晚發型敗血癥就需要控制院內感染,這是最關鍵的因素。