亞急性甲狀腺炎的藥物治療主要有非甾體消炎鎮痛藥和糖皮質激素兩類,對于病情比較輕的患者可以選用非甾體消炎藥,療程一般為兩周,常用藥物有吲哚美辛、阿司匹林或者是塞來昔布,阿司匹林用量一般為0.5-1.0g或吲哚美辛25mg,每日均需要服用3-4次,塞來昔布一次200mg,每日2次。
對于疼痛比較劇烈,體溫顯著升高,水楊酸或是其他非甾體消炎藥藥物治療無效者可以選用糖皮質激素,一般是選用潑尼松治療,潑尼松的劑量為每日20-40mg,用藥后數小時至數日可以緩解疼痛,甲狀腺會縮小,用藥1-2周后要逐漸減量,療程一般為6-8周,如果在減量過程中甲狀腺炎發生了復發,再次用藥仍然有效,所以復發時可應用潑尼松。