原發性肝癌的鑒別診斷通常有繼發性肝癌,肝硬化,活動性肝病以及肝膿腫。肝硬化一般有明顯的肝臟腫大,質硬的大結節,通過影像學檢查,可以發現占位性的病變,可以反復的監測AFP,密切隨訪病情,與原發性肝癌相鑒別。肝膿腫也是一種比較容易混淆的疾病,它一般有明顯炎癥性的臨床表現,比如發熱,腫大的肝臟表面光滑,沒有結節,觸痛比較明顯。
可以通過反復的超聲檢查,必要時可以在超聲引導下行診斷性的穿刺,從而起到鑒別的作用。還有就是繼發性的肝癌,這種通常繼發于胃腸道呼吸道等,它與原發性肝癌相比較,病情發展比較慢,主要還是通過一些臨床表現還有輔助檢查來進行鑒別診斷。