慢性結腸炎的治療一般來說,在大城市的二甲醫院及三甲醫院都可以去消化內科,消化內科都已經獨立了,而且尤其在三甲醫院甚至省部級醫院會有專門的醫生專門治慢性結腸炎,而在二甲及二甲以下醫院有可能消化內科沒有完全獨立,這時候就可以去一般的普通的內科也就是全科內科進行治療。
還有一些地方慢性結腸炎的治療,除了內科在治療以外,還可以去外科,因為有一部分慢性結腸炎發生了急性癥狀,比如說穿孔,腹膜炎等情況,則需要去普外科進行治療。常見的科室為胃腸外科和結直腸肛門外科。同時如果慢性結腸炎比較重癥,目前有一種辦法是通過手術的辦法將整個結腸全部切除來進行治療,效果也不錯。這個治療一般來說是在大型三甲醫院的結直腸肛門外科進行治療。