引起偏頭痛的病因目前為止還不夠明確,但是與一些因素有關,比如遺傳因素,有家族性的偏癱性的偏頭痛,而且有常染色體顯性遺傳。另外是內分泌和代謝的因素,一般男性多于女性,比如月經期容易發作,妊娠或者是絕經期后減少停止,這些提示內分泌水平的代謝和偏頭痛相關。
另外,是日常生活中的飲食和精神因素,包括喝濃度高的咖啡、濃茶,吃巧克力,吃一些含有亞硝酸鹽的防腐劑的食物,腌制類的食物等等都可能會誘發偏頭痛。由于情緒過于高度的緊張、疲勞、失眠或者由于月經或者是比較大的噪音,或者是強烈的光線都可能誘發偏頭痛的發生。