女性小腹疼的原因有很多,可能為陰道發育異常,比如陰道閉鎖,完全性橫隔,子宮發育異常,比如殘角子宮,卵巢子宮內膜異位囊腫等所引起的。陰道發育異常比如陰道閉鎖,絕大多數患者至青春期因經血排出不暢,發生周期性下腹墜痛呈進行性加劇,嚴重者可引起肛門或陰道部脹痛或尿頻等癥狀。完全性橫膈也是因為經血排出不暢,有原發性閉經伴周期性腹痛并呈進行性加劇的特點。
子宮發育異常,比如殘角子宮,若子宮內膜有功能但其宮腔與單角宮腔不相通者,往往因月經血倒流或宮腔積血出現痛經,也可發生子宮內膜異位癥,從而引起下腹部疼痛。卵巢子宮內膜異位囊腫經常會由于經期囊內出血,壓力增加,而多次出現小的破裂,由于破裂后立即被周圍組織粘連,而僅造成一過性的下腹部或盆腔深部疼痛。