鹽酸米諾環素屬于四環素類抗生素,常見的不良反應就是菌群失調,出現腹瀉等癥狀,出現偽膜性的腸炎,嚴重的有出現由白色念珠菌和其他耐藥菌引起的二重感染的現象。消化道副作用也比較多見,出現食欲不振,惡心嘔吐,腹痛,腹瀉的癥狀。偶爾有出現是食管潰瘍的現象,出現過敏性的皮疹的發生。
極少數有出現粒細胞缺乏、全身性紅斑狼瘡、顱內壓增高、視神經乳頭水腫等嚴重的不良反應。鹽酸米諾環素還影響牙齒和骨骼的發育,會沉積于牙齒和骨骼中造成牙齒黃染,并影響胎兒、新生兒和嬰幼兒骨骼的正常發育。因此處于骨骼發育期的兒童要禁止使用。