與其他的神經系統變性疾病相比,癲癇患者的預后一般相對較好。約65%左右的癲癇患者在服用抗癲癇藥物治療以后可以較好地控制癥狀的發作,對于這一類的癲癇患者,在經過抗癲癇藥物治療,如果2-5年內無病情的發作,腦電圖復查正常的情況下可以逐漸減藥。當然減藥要注意緩慢,一般需要1年左右的時間。另外還有少部分的患者經過反復的調藥,仍不能有效的控制疾病的發作,這一類患者稱為難治性癲癇。
對于此類患者,接近一半的患者可以在顱內找到致癇的病灶,如果行致癇灶切除術治療可以有效的治療癲癇,另有一半的患者不宜行切除治療,可以行生酮飲食治療,神經調控治療等方法。