克羅恩病的手術適應征主要是完全腸梗阻、瘺管和膿腫形成、急性穿孔或無法控制的大出血。克羅恩病的手術治療一般主要用于其并發癥,因為克羅恩病有反復發作的趨勢,即使手術切除以后還會再次發作,因此一般提倡是保守治療。
克羅恩病如果出現了完全性的腸梗阻,此時需要急診手術治療,切除梗阻腸段,緩解梗阻。克隆恩病經常并發瘺管和膿腫形成,如果反復抗炎治療無效,就要考慮手術切除。如果克羅恩病的潰瘍較深,發生急性穿孔或者是潰瘍引起大血管破裂,這時就需要急診手術切除這一段腸管,在術后有時需要造瘺,利用造瘺口來排出糞便,減輕局部的壓力,防止再次出現梗阻或者是出血。