臨床上引起肛瘺的原因其實有很多,只是大多數情況下都是由于肛周感染或者肛周膿腫引起的,特別是肛周膿腫自行破潰或者是做了肛周膿腫切開引流術,此后基本上都會形成肛瘺,而且現在多數認為肛瘺和肛周膿腫屬于同一種疾病的不同階段,肛周膿腫屬于急性期,而肛瘺則屬于慢性期或者穩定期,當然,同屬于肛周感染。肛周膿腫的破潰口或者手術切口基本上會形成外口。
另外,對于潰瘍性結直腸炎或者說克羅恩病,都可能會形成肛瘺,還有就是結核性腸炎也可能引起肛瘺。另外,對于惡性腫瘤引起的繼發性細菌感染,肛管直腸損傷引起的繼發性細菌感染都可能引起肛瘺。