腦干在頭部的后下側,是連接脊髓以及大腦的狹小區域,它的解剖位置對小腦的輔側,經小腦角與小腦相連。腦干對于生存有重要的意義,緊密排列著許多重要的結構,包括像傳遞感覺和傳遞運動的一些錐體束、傳導束等等,還含有多組的神經元,是腦部的一些激素,像去甲腎上腺素、多巴胺、五羥色胺等等激素的主要來源。
腦干是一個復雜而且排列有序的結構,支配著運動、感覺、呼吸、心血管功能以及參與睡眠、覺醒機制。腦干分為延髓、橋腦、中腦三部分,延髓部位尤其的重要,腦干的一些微小病變,比如像延髓的病變即可影響鄰近的結構,像小腦部位而導致很嚴重的神經功能損害,甚至可能會影響生命中樞,危及生命。