早上醒來咳嗽主要是由于機體受涼、淋雨、熬夜、疲勞等誘因使病毒、細菌、支原體、衣原體、立克次體等病原體入侵到體內。另外也可能接觸一些可疑的致敏源,比如花粉、灰塵、油煙、二氧化硫、氯氣以及塵螨等刺激到呼吸道,而使呼吸道粘膜出現了充血、水腫、大量炎性物質滲出的炎癥改變。
而夜間人體的交感神經相對興奮,容易使呼吸道粘膜滲出更多的分泌物,這個時候一晚上的分泌物積聚在呼吸道、支氣管、咽喉部位,早晨醒來的時候這些大量的分泌物會刺激咽喉部,引起反射性的咳嗽。所以早晨起來會咳嗽非常明顯。臨床上最常見的是急性支氣管炎、慢性支氣管炎急性發作、咳嗽變異性哮喘、肺部感染等。