遺傳因素占一重要的部分,一般認為,牙頜面的畸形具有特殊性的傳遞規律,也就是遺傳性疾病。還有就是環境的因素,和出生以后的環境有重要的關系。有些的胚胎在發育過程中受到某些攻擊力的刺激因素如感染,外傷,內分泌等因素的作用可以導致頜面畸形。
另外,一般把遺傳因素和出生前的環境因素,這些稱為先天性的因素,是口腔頜面最常見的一種先天性的畸形,出生后的環境因素在牙頜面畸形形成中作用也比較重要,后天環境的因素主要指神經肌肉適應性的功能變化對于頜面生長發育的影響,如單側咀嚼導致單側頜骨發育不足,這些都是嚴重的影響頜面畸形的原因。