對于腎結核原則上應該抗結核治療6到9個月沒有效果腎結核破壞嚴重,這種情況才考慮腎切除手術。原則上在切除手術前最低抗結核治療應該兩周以上,防止手術后結核爆發。
腎切除手術應該注意結核破壞嚴重而對側的腎臟正常可以切除壞腎,如果雙側腎結核一側廣泛破壞基本沒有腎臟的正常功能,可以考慮切除。另一側病變比較輕應該嚴格的抗結核治療一段時間,擇期切除梗阻嚴重的一側壞腎。
如果腎結核對側腎積水,腎功能不正常,應該先行腎穿刺引流恢復腎功能再進行手術治療。如果腎結核雙側都有,必要時行保留腎單位的腎切除,但是這種手術危險性很高,必須抗結核治療3到6個月才可以進行。