臨床上對隱性脊柱裂的病因目前還不明了,可能與先天性的因素有關,影響椎管的閉合不全或者是椎板以及棘突的缺無。隱性脊柱裂的表現形式比較多,單純的隱形脊柱裂不合并有其它的脊髓或者是神經病變,椎管內容物不向外膨出。
而復雜的隱性脊柱裂,可以同時存在脊髓或者是神經發育的異常,比如表現有局部的瘢痕、捏粘,中樞肥厚增粗,或者使脊髓固定在椎骨上,限制了骨髓在發育中的上移。有些病人還表現為軟骨瘤,脂肪瘤,表皮囊腫,皮樣囊腫、蛛網膜囊腫等形成,這些病變有時可以合并半椎體或者是脊柱的側彎,椎間孔與肋骨發育畸形等癥狀。從發育胚胎學的過程可以知道,往往是因為脊柱在椎管內大致與椎管等長的,而隱性脊柱裂的患者往往因為脊髓的發育與椎管生長長度不同步,使得脊髓固定在病變的部位不能適應脊柱的生長而傷身,這是脊髓酸性形成的一個積累。