絕大多數腎結核,當病變是整個腎臟呈干酪樣壞死表現時,也就是腎積膿時,就會引起腎萎縮。腎結核最早期的病變,主要就是腎皮質內有多發性結核結節,它主要就是由淋巴細胞、漿細胞、巨噬細胞,以及上皮細胞組成的結核性肉芽組織,中央就是干酪樣的物質,邊緣是纖維組織增生。
隨著病變的加重,病灶會逐步浸潤,擴大,浸入滲水之后,病變就會不能自愈,病變進一步的發展。結合結節彼此互相融合,就形成干酪樣的膿腫,從腎乳頭破潰進入腎盂,腎盞,導致整個腎臟就受累,沒有正常的腎組織。這種情況腎臟就會萎縮,同時也會導致輸尿管僵硬,輸尿管擴張以及膀胱攣縮,這種情況就會有尿頻,尿急,膿尿,血尿等。