IGA腎病的病因非常復雜,原發性IGA腎病病因不明確,主要是循環中免疫復合物在腎小球系膜區異常的沉積,激活補體替代途徑引起IGA腎病。其中IGA1分子的糖基化異常是導致IGA腎病的關鍵原因。有一部分IGA腎病表現為家族聚集性,提示IGA腎病可能與遺傳有關系。
IGA腎病的發病率和種族、和地理分布不同,一些病人是有家族聚集限性,可能提示遺傳因素在IGA腎病的發病機制中起重要作用。IGA1糖基化異常具有遺傳性,所以可能IGA腎病也有遺傳傾向,但是臨床上見得最多的IGA腎病都是病因不明確的IGA腎病。有很少一部分病人具有家族聚集性。