韋格納肉芽腫目前是不能夠根治的,與其它自身免疫性疾病相比預后也不是很好,韋格納肉芽腫是一種預后不良的多系統疾病,90%的患者在通過有效的治療之后能夠使病情得到明顯改善。但是也有的患者盡管在早期就給予規律的治療,但是仍然有可能控制不了疾病的進展,導致患者死亡。
目前標準的治療方案是疾病病情活動期使用短期誘導的方法來治療,包括應用激素和環磷酰胺。在病情穩定期,患者可以用一些控制病情復發的藥物來治療,比如小劑量的糖皮質激素加免疫制劑。雖然治療得到了很大的進展,但是如何控制韋格納肉芽腫的復發和如何應對藥物治療無效的一些疾病,仍然還有很大的挑戰。