纖維肌痛綜合征一般是很少出現遺傳的,本病的發病主要是與睡眠障礙、神經遞質分泌異常以及免疫紊亂有一定的關系,睡眠障礙會累及60%到90%的病人,表現為睡眠不足、易醒、多夢、晨起精神不振、疲乏和有全身疼痛和沉僵感,多數患者由于精神緊張、環境噪音等都可加重睡眠障礙從而誘發本病的發生。
此外神經遞質分泌異常也在本病的發病中起到重要作用,一些學者研究本病體內存在有急性血管損傷、組織缺氧及通透性增強,所以有免疫功能紊亂的情況。另外與一些感染也有一定的關系,尤其是腺病毒或螺旋體感染,但一般與遺傳傾向并無直接的聯系或者研究目前尚未發現。