韋格納肉芽腫這個病是不能夠根治,如果早期診斷,早期治療,力爭在內臟器官出現不可逆的損害之前給予積極的治療,可以明顯的改善這個病的預后。但是這個病總體的預后是不好的,沒有經過治療的韋格納氏肉芽腫病人預后是非常差的,90%以上的患者都在兩年內死亡。單純通過糖皮質激素治療的病人,平均生存期也僅僅有八個月,通常都死于呼吸衰竭或腎衰竭。
但是目前循證醫學的證據表明,糖皮質激素和環磷酰胺的聯合治療能明顯提高患者的療效,誘導并維持疾病長期處于待緩解的狀態,能達到這種狀態在臨床上也認為就是臨床的緩解。別是對于這些伴有腎臟還有嚴重呼吸系統受累的患者,通過這樣的治療以后預后能有明顯的改善,生活質量也能有所提高。