一般來說,陰莖成型的關鍵時期是在懷孕的第9周到第12周。在這段時間之內,雌激素能夠促進胎兒尿道和包皮的形成,尿道下裂可能與這一階段母體的激素水平的分泌異常有關系。
另外,隨著近來的研究還可能認為尿道下裂與下列這些原因有關,比如可能與遺傳因素有關,因為尿道下裂的發病有一定的家族傾向。
第二,它還可能與環境污染有關。
第三,它可能與促性腺激素的分泌不足也有一定的關系。
第四,有些像懷孕的孕婦在孕前或者懷孕期間使用一些促孕或者保胎的激素,它可能對胎兒生殖系統的發育也可能會產生這樣的影響,從而增加這種先天性尿道下裂的發生。